A oxigenoterapia hiperbárica é um tratamento seguro e eficaz . Respeitando-se as normas de segurança, os efeitos colaterais são mínimos e o tratamento na câmara hiperbárica é perfeitamente bem tolerado, indolor na imensa maioria dos casos, e sem nenhum desconforto. Alguns pacientes podem apresentar algum desconforto no ouvido, facilmente revertido pela manobra de valsalva (realizada ao se exalar forçadamente o ar contra os lábios fechados e nariz tapado, forçando o ar em direção ao ouvido).
As complicações decorrentes do tratamento são raras (menos de 3%). Quando as mesmas se instalam, são na maioria dos casos, reversíveis com a descontinuidade do tratamento. As mais frequentes são: barotrauma no ouvido e seios nasais, intoxicação pelo oxigênio, convulsões, toxicidade pulmonar, alterações refrativas da visão.